معمولا در اغلب گياهان , بعد از پایان هرس اولیه (تا ارتفاع 30 سانتیمتری) نوبت می‌رسد به هرس شاخه‌های فرعی و میوه‌ها و برگ‌های اضافی که روی گره‌های بعدی (بعد از ارتفاع 30 سانتیمتری) تولید می‌گردند. بوته خیار گلخانه‌ای در کنار هر برگ یک یا چند میوه تولید می‌کند. از کنار هر برگ نیز یک جوانه جانبی ظاهر شده که به تدریج تبدیل به شاخه جانبی می‌شود.

عملیات هرس شاخه‌های جانبی باید مرتباً انجام شود زیرا در غیر این صورت در کمتر از 1 هفته با رشد ساقه‌های جانبی پی در پی که از یکدیگر مشتق می‌شوند، فضای گلخانه تبدیل به جنگلی از برگ‌ها و ساقه‌های جانبی می‌شود که عملیات داشت، عبور و مرور و خدمات رسانی را با مشکل مواجه می‌کند.. با حذف برگ‌ها، میوه‌ها و شاخه‌های جانبی اضافی از روی ساقه‌های اصلی و جانبی، جوانه‌های جانبی جدیدتری روی ساقه اصلی به سرعت ظاهر می‌شوند.

هرس شاخه‌های فرعی به چند روش انجام می‌گیرد:

هرس تک شاخه: بعد از ارتفاع 40-30 سانتیمتری، روی هر شاخه فرعی یک میوه و یک برگ (یا دو میوه و دو برگ) نگه می‌دارند و سپس جوانه انتهایی شاخه‌های فرعی را قطع می‌کنند.

هرس هرمی: بعد از ارتفاع 40-35 سانتیمتری، در 25 سانتیمتر اول روی هر شاخه فرعی یک خیار و یک برگ بالای آن نگه می‌دارند و سپس جوانه انتهایی شاخه‌های فرعی را قطع می‌کنند. در 25 سانتیمتر دوم روی هر شاخه فرعی 2 خیار و 2 برگ و در 25 سانتیمتر سوم 3 خیار و 3 برگ روی هر شاخه فرعی نگه می‌دارند و بقیه را حذف می‌کنند و به همین صورت تا بالا ادامه می‌دهند (این هرس باعث رشد هرمی شكل بوته می‌شود).

گاهی برای تحریک بیشتر بوته، تمام شاخه‌های جانبی روی ساقه اصلی حذف می‌شوند و اجازه داده می‌شود که در زوایه هر برگ از ساقه اصلی فقط یک میوه رشد کند. این نوع هرس بیشتر در كشت‌های كوتاه مدت و به منظور زودرس كردن و افزایش كیفیت میوه كاربرد دارد.